根据自然出版集团统计的在过去12个月内在自然杂志《Nature》 及其子刊系列上的发文数量，中国科学院一共发表140篇论文，超过日本东京大学排名亚洲机构第一位，这也是自然指数统计以来中国科研机构首次排名第一。目前2012年全球自然指数尚未公布，参考2011的数据，中科院可排在全球第7位，也将很有可能成为中国第一个晋级全球前十科研机构的中国单位。

中国的科研机构及高校2012年的自然指数普遍有快速的提升，除中科院外，前50名中还有中国科技大学（第8)，清华大学（第9)，北京大学（第12)等学校入榜。

据笔者观察，由于在署名方面的不明确，新成立的中国科学院大学（中科院研究生院)自然发表指数仅为1.63(17篇)，按照这一数值将排到亚洲70位左右，与中国科学院大学的研究实力严重不符。为此笔者建议中科院相关领导负责人出台政策管理中科院大学的论文署名规范，在中科院系统内指导研究生的所有硕士、博士生导师在发表论文时也建议署名中国科学院大学。

机构2第31条。中国科学院，中国0.871402 .东京大学，日本39.051173 .京都大学，日本22.69564 .立根，日本19.88815 .大阪大学，日本15.52496 .墨尔本大学，澳大利亚10.82487 .名古屋大学，日本10.48298 .中国科学技术大学，中国9.85209 .清华大学，中国9.339中国北京大学7.772813。AIST国家先进工业科学技术研究所7.262214。新加坡科学技术研究机构6.864215。中国SJTU上海交通大学6.563716。澳大利亚ANU澳大利亚国立大学6.262017。中国中国6.092118。澳大利亚昆士兰大学5.934219。日本九州大学5新加坡3.821633，澳大利亚莫纳什大学3.782134，日本海洋与地球科学技术署(JAMSTEC)，日本3.571635，NTT集团，日本3.49636，中国科学院，台湾3.362037，澳大利亚联邦科学与工业研究组织(工业和信息化组织)，澳大利亚詹姆斯库克大学3.271139，日本国家材料科学研究所(NIMS)中国南京大学85743 .日本广岛大学2.771144。中国农业科学院(CAAS)，中国671345 .澳大利亚西澳大利亚大学2.642946。韩国汉阳大学2.621147。韩国大学2.43648。中国厦门大学2.38649。印度塔塔基础研究所(TIFR)，日本熊本大学2.33350