根据《自然出版索引》(Nature Publishing Index)杂志发布的数据，美国在2013年全球科研机构排名中绝对领先，在前100名中占据50席。在公布的亚太地区科研机构排名中，中国科学院首次取代日本东京大学，在亚太地区排名第一。哈佛大学、麻省理工学院、斯坦福大学和国家卫生研究院领导着世界前200名的科研机构。作为《自然出版指数》的补充，《自然》是根据2013年国家和机构在《自然出版指数》和《自然》的18个子刊上发表的研究型科研论文的数量进行排名的。

据《自然》编辑介绍，亚太地区许多国家将增加科研产出视为提高创新能力、国际竞争力和知识经济的基础。报告显示，尽管日本多年来一直领导亚太地区的科学研究，但亚太地区的高质量研究正转向中国和新加坡等国家。《自然》出版集团大中华区负责人尼克坎贝尔(Nick Campbell)认为，中国政府加大基础研究投资，导致中国在亚太地区科研机构中的排名不断上升。

澳大利亚凭借其在地球和环境科学领域的强大优势，在亚太地区排名第三。与2012年相比，澳大利亚2013年各项指标均有所提高，成为亚太地区第二大国际合作国家。其科研机构对《自然》期刊的贡献比2012年增加了50%。澳大利亚在亚太地区200强科研机构中占有29个席位，墨尔本大学排名第8。