《自然》指出，中国科学院是世界领先的科研机构。在全国114个直属科研机构中，有48500名科研人员，2013年年度预算为54亿美元。“在过去的65年里，中国科学院已经成为科学创新和科学发现的伟大源泉，从一个地区领导者跃升为全球巨人。中国研究人员正在将知识力量推向一个新的水平。”在新一期《自然》杂志中，根据WFC得分，列出了中国200家顶尖研究机构，其中前20名是：

在科研机构全球排名中，中国科学院以2661篇论文在《自然》及其子期刊中排名世界第一，贡献指数为1209.46。哈佛大学、德国马克斯普朗克协会、法国科学院和斯坦福大学分别排名第2至第5。在世界前200所科研机构和大学中，mainland China有17所大学入围，北京大学在中国大学排名中位居世界第22位。

与此同时，公布了化学、物理、生命科学、地球和环境科学四个学科的前50名科研机构和大学名单。在国内高校中，北京大学、南京大学、清华大学、浙江大学、南开大学、复旦大学、吉林大学和四川大学都在化学自然指数前50名之列。北京大学、清华大学、中国科技大学、浙江大学和南京大学进入物理自然指数前50名。